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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Colloque SEFA 2020

 

Formation DROMICs

Formation DROMICs

En écotoxicologie, les méthodes omiques permettent d’explorer les effets des facteurs de stress à l’échelle moléculaire, d’étudier les réponses des voies métaboliques ou encore de découvrir de nouveaux biomarqueurs. Appliquées dans un cadre dose-réponse, ces approches ouvrent de nouvelles perspectives pour la compréhension mécaniste et l’évaluation des risques écologiques. Mais la spécificité et la complexité des réponses omiques nécessitent un workflow spécifique capable de gérer correctement ces données. L’outil DRomics a été récemment développé dans le but d’analyser ce type de données collectées dans le cadre d’un plan expérimental dose-réponse : https://lbbe.univ-lyon1.fr/-Dromics-.html.

L’outil DRomics permet :

  • D’identifier les items (gènes, métabolites…) qui répondent de manière significative à un gradient de concentration (réponses monotones et biphasiques)
  • De caractériser la réponse de chaque item en ajustant une courbe dose-réponse et en calculant une concentration d’effet (Benchmark Dose)
  • De visualiser globalement les réponses en fonction de différents paramètres d’intérêt (e.g. annotation fonctionnelle, tendance de réponse, sensibilité)

Pour les participants, les objectifs sont de :

-          Comprendre les bases des analyses utilisées dans le traitement des données moléculaires (e.g. microarray, RNAseq, métabolomique)

-          Comprendre les bases de la modélisation dose-réponse (régression non-linéaire, choix du meilleur modèle, calcul de la Benchmark Dose, estimation de l’incertitude)

-          Comprendre le but de chaque étape de l’outil afin d’optimiser la gestion des paramètres

-          Apprendre comment utiliser DRomics (application en ligne et package R pour les participants ayant des bases sur R)

-          Explorer les sorties de l’outil et échanger sur leur utilisation dans le cadre de différentes applications

Aucune compétence sous R n’est requise. Pour la partie pratique, des jeux de données seront fournis aux participants. Les participants peuvent également venir avec leurs propres jeux de données s’ils le souhaitent.

 

Reference for the DRomics tool:

 Larras F., Billoir E., Baillard V., Siberchicot A., Scholz S., Wubet T., Tarkka M., Schmitt-Jansen M., Delignette-Muller ML. DRomics: A Turnkey Tool to Support the Use of the Dose–Response Framework for Omics Data in Ecological Risk Assessment. Environmental Science & Technology 52, 14461–14468 (2018)